(русский / in Russian) Алгоритмы в биоинформатике | Николай Вяххи (Algorithms in bioinformatics by Nikolay Vayakhi)

# playlist (click the video's upper-left icon)

source: Лекториум       2013年7月16日
Биоинформатика - это быстро растущий раздел computer science, благодаря которому биология в 21 веке переходит из раздела наук о жизни в вычислительные науки. Биоинформатики исследуют специфические алгоритмы и методы анализа больших объёмов данных, работая преимущественно с геномными и белковыми последовательностями. Благодаря биоинформатике учёные смогли прочитать геном человека, создать искусственную бактерию и вылечить некоторые виды рака.
В курсе будут даны базовые определения из биоинформатики и молекулярной биологии, которые понадобятся для понимания дальнейшего материала. Будет дан широкий обзор разделов биоинформатики с упором на методы чтения генома, а также на алгоритмы сравнения строк и алгоритмы неточного поиска подпоследовательстей в больших текстах.
Для желающих глубже изучить материал будут даны алгоритмические задачи с автоматизированной проверкой.
Предварительных знаний в биологии и биоинформатике не требуется.
Предварительная программа:
Введение в молекулярную биологию и биотехнологии.
Расстояния между последовательностями, эволюционные расстояния, матрицы замен, глобальное и локальное выравнивание.
Расстояния между последовательностями, эффективные алгоритмы попарного выравнивания, множественное выравнивание и эвристики.
Алгоритмы поиска подстроки в тексте, суффиксное дерево и массив, построение сжатых индексов по геному, BWT.
Поиск подстроки с ошибками, эвристические подходы, BLAST.
Гены. Алгоритмы предсказывания генов, статистические подходы и подходы, основанные на сходстве.
Чтение и сборка геномов. Исправление ошибок в данных.
Сборка геномов, графовые алгоритмы в биоинформатике, графы де Брюйна.
Вычислительная масс-спектрометрия, восстановление белков по спектру.
Сравнительная геномика, геномные перестройки и нахождение блоков ситнетии.
Молекулярная эволюция, алгоритмы кластеризации.
Скрытые марковские модели в биоинформатике.
Страница курса на сайте Computer science center.
Подписывайтесь на канал: https://www.lektorium.tv/ZJA
Следите за новостями:
https://vk.com/openlektorium
https://www.facebook.com/openlektorium